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S. Maria Egiziaca era in origine uno pseudoperipteros di epoca tardo repubblicana con la facciata rivolta a nord. Non è chiaro come venne utilizzato il tempio dopo l'interdizione ufficiale dei culti pagani e quando fu trasformato in spazio di culto cristiano. Prima che fosse trasformato in chiesa, fu installato un piano intermedio, come dimostrano i fori delle travi visibili all'interno delle pareti est e ovest. L'edificio potrebbe aver avuto in precedenza funzione di deposito. Prime notizie sulla chiesa sono state rinvenute in un’iscrizione dal IX secolo, oggi perduta, che insieme a dei frammenti di affresco testimoniano un utilizzo come edificio di culto almeno dal IX secolo. L'unico apparato attribuibile con sicurezza al Medioevo centrale è un tabernacolo del XIII secolo. Nel XI o XII secolo potrebbe essere stato realizzato un frammento di affresco in alto sulla parete sud, probabilmente originariamente parte di una scena di giudizio universale.