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La chiesa si trova in Borgo Santo Spirito, a circa 9 m sopra il livello stradale, sulla salita del Gianicolo, a pochi passi da piazza San Pietro. La fondazione della chiesa di San Michele non è nota, ma le forme e l’architettura del campanile a 6 piani indicano che l’edificio conservato con l'abside rivolta a est risale al XII secolo. Un’epigrafe, forse commissionata dai canonici della Basilica di San Pietro in occasione del primo Anno Santo (1300) per istruire i pellegrini, ricorda la leggenda di fondazione: i Frisoni caduti in battaglia contro i Saraceni sarebbero stati sepolti in grotte vicino al palazzo di Nerone (sul promontorio del Gianicolo), e Carlo Magno avrebbe fatto costruire la chiesa di San Michele sulle loro tombe. Nel corso di queste battaglie, tre frisoni e una monaca frisona avrebbero portato con sé il corpo di San Magno da Fondi e, per ordine divino, avrebbero trasferito in Frisia solo un braccio, lasciando le altre reliquie del corpo nella chiesa di Roma. Inoltre, i Frisoni avrebbero dato prova di eroismo nella difesa del papa. Con questa iscrizione, si voleva probabilmente collegare in modo più credibile la fondazione della Chiesa al nome di Carlo Magno e alle gesta eroiche dei Frisoni. Tuttavia, queste avventure romanzesche hanno poco a che fare con la realtà storica. Forse la chiesa altomedievale fu danneggiata dalle truppe di Roberto Guiscardo nel 1084. Innocenzo II nel 1141 consacrò una nuova basilica a tre navate che nel 1198 fu sottomessa al capitolo di S. Pietro. La chiesa fu completamente trasformata nel 1757 in forme tardobarocche; l’analisi delle strutture nel 1998 portò alla luce alcune delle 14 colonne (7 per lato) con i loro capitelli corinzi di spolio e i resti delle imposte delle arcate della navata medievale.