Santa Maria in Trastevere ebbe origine come basilica a tre navate eretta da papa Giulio I (337-352) lungo la via Aurelia intramurale, vicino a qualche memoria di papa Callisto I (217-222). Conosciuta come titulus sancti Iulii et Calisti, fu dedicata a Maria nel VI secolo. Secondo le fonti, già nell’VIII secolo ospitava un’icona miracolosa, la Madonna della Clemenza. Papa Gregorio IV (827-844) vi aggiunse un monastero e un praesepium sul modello di quello di Santa Maria Maggiore. L’abate Anastasius Bibliothecarius (dopo l’858) identificò la chiesa come il sito dell’antica fons olei. A seguito di una riforma del monastero, la chiesa fu consacrata da papa Alessandro II nel maggio del 1065. Potrebbe risalire a tale periodo un portale decorato con tralci di vite abitati (attualmente situato al termine della navata destra). Nel 1130, il cardinale titolare della basilica, Pietro Pierleoni, fu eletto papa con il nome di Anacleto II, in opposizione al cardinale Gregorio di Sant’Angelo, eletto come Innocenzo II, dando origine a uno scisma. Dopo la morte di Anacleto nel 1138, Innocenzo II condannò tutti i suoi atti e fece distruggere i suoi altari. Nel 1140 demolì pure la chiesa titolare dell’antipapa e la sostituì con una basilica più grandiosa, costruita sulle medesime fondamenta, la qualenon era del tutto terminata quando il papa morì nel 1143. La nuova chiesa fu consacrata da papa Innocenzo III nel 1215. La chiesa di Innocenzo II è una grande basilica a tre navate con transetto iscritto (lunga 53 m, larga 26,3 m), un campanile e (originariamente) un portico architravato. Essa si contraddistingue per l’uso sontuoso di spolia antichi, impiegati nei portali e nei colonnati. L’abside a mosaico, l’altare e il ciborio, il pavimento del transetto e quattro capitelli ionici delle colonne della navata centrale sono tutti dell’epoca di Innocenzo II. Il pavimento della navata e la schola cantorum furono probabilmente realizzati tra circa il 1150 e il 1225, mentre la cathedra è databile agli anni 1240/1250. Il mosaico della facciata fu eseguito in più fasi tra il 1250 e il 1300, mentre i mosaici sotto la conca absidale furono realizzati da Pietro Cavallini poco prima del 1300. Alcuni interventi di rinnovamento promossi dal cardinale Altemps (1580-1595), dal cardinale Aldobrandini (1612-1620) e da papa Pio IX (1864-1873) portarono alla scomparsa delle finestre originarie, dei tetti lignei a capriate, e dei pavimenti della navata e delle navate laterali. Il portico fu demolito e sostituito da Carlo Fontana nel 1701.