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Secondo la descrizione dell’edificio fatta da Pompeo Ugonio nel 1590 circa, la chiesa aveva un portico antistante e l'interno era diviso in tre navate; sedici colonne fiancheggiavano la navata centrale, presumibilmente otto colonne con nove arcate per lato. Nel 1179 papa Alessandro III (1159-1181) consacrò un altare laterale dedicato a Maria. Una menzione particolare è riservata, da Ugonio, al pavimento, descritto come "arteficioso con varie pietre", oggi perduto. Fino al sec. XIX si era conservato al centro del pavimento il disegno di un labirinto. Secondo Ugonio l'abside era decorata con pitture post-medievali. A sinistra dell'altare maggiore si trovava l’altare di San Nicola, del 1295 donato dal cardinale Jacopo Colonna. Quella che Ugonio vide era forse ancora la basilica dell'VIII secolo con resti di quello che doveva essere l'arredo liturgico del Medioevo centrale.