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La piccola chiesa sorgeva sulla riva destra del Tevere fino agli inizi del XVIII secolo. Prende il nome da una torre che era parte delle fortificazioni portuali costruite da Leone IV (847–855). Mancano fonti sulla storia antica e sulla fondazione della chiesa medievale. Viene citata per la prima volta nel Liber Censuum di Cencius Camerarius 1192. Fu sede del Sodalizio dei Marinari di Ripa e Ripetta, trasferitosi a S. Maria in Cappella nel XVIII secolo. Vedute del primo Cinquecento mostrano una piccola chiesa a una navata unica, con l'abside rivolta in direzione sud-ovest. L'unica indicazione dell’epoca di costruzione è il timpano triangolare sopra l'abside documentato nel Codex Escurialensis, decorato con ampie cornici con mensole e ricorda il timpano della facciata di S. Maria Cappella. Questo elemento e il campanile documentato nell’affresco del Trionfo di Tommaso d’Aquino di Filippino Lippi suggeriscono che l’edificio sia stato costruito nel XII secolo.