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La struttura di S. Marco è sostanzialmente ancora quella della basilica del IX secolo costruita da papa Gregorio IV (827-844). Due precedenti chiese tardoantiche sono state identificate sulla base di fonti e scavi. L'aspetto attuale è riconducibile ad interventi successivi, soprattutto nei secoli XV e XVIII. Della seconda metà del XII secolo – in seguito alla traslazione delle reliquie di S. Marco (Papa) – restano solo il campanile, parti del pavimento (alcune delle quali rifatte con materiale antico) e il presbiterio rialzato. Dell'arredo liturgico rimangono solo le quattro colonne di porfido e 10 colonnine pertinenti alla gabbia del ciborio realizzato dai figli di Paolo, Giovanni, Pietro, Angelo e Sasso nel 1154. Nel portico si trova un pilastrino angolare di un altare medievale, che probabilmente un tempo si trovava nella chiesa. L'antica cattedra papale marmorea dell'abside fu trasferita ai Musei Vaticani dalla fine del XVIII secolo. Nelle fonti si trovano solo scarsi riferimenti alla presenza di una schola cantorum e di un pulpito medievale. Un leoncino (posteriore al 1200?), che si trovava nel portico, andò perduto verso la fine del secolo XX.