Sotto l’attuale chiesa di S. Marcello ricostruita nel sec. XVI, uno scavo archeologico (1990-2001) ha permesso di individuare la basilica tardoantica con le sue trasformazioni medievali. S. Marcello si trova in un'area urbana in cui si è verificato, dopo l'antichità, un forte innalzamento del livello stradale. Intorno al 1100 il pavimento della chiesa fu rialzato di circa 85 cm e due absidiole furono aggiunte alle estremità delle navatelle. Del nuovo litostrato in opus sectile cosmatesco si sono conservati esigui resti. A questa stessa fase appartiene anche un antico cippo recante sul fronte una decorazione in opus sectile e l’iscrizione menzionante le reliquie dei Santi Giovanni, Blasto, Diogene e Longino. Nella seconda metà del XII sec. la chiesa fu allungata di c. 7 m verso occidente con l’aggiunta di un transetto con un’abside sull’asse centrale, mentre due absidi più piccole furono erette alle estremità sud e nord del transetto. Il livello del pavimento del nuovo transetto era di circa 140-170 cm più alto di quello della navata. Altri arredi che ci si aspetterebbero in una chiesa del XII secolo, come una schola cantorum o un ciborio d'altare, non sono documentati, anche se la loro esistenza è probabile. Un'ultima fase di costruzione, poco documentata, ebbe luogo alla fine del XV secolo. Un grande incendio nel 1519 distrusse quasi completamente quella che era la chiesa tardoantica. Il nuovo edificio, a navata unica con cappelle laterali, ricevette una nuova facciata rivolta verso la via Lata e una nuova abside a est; fu quindi ruotato di 180° rispetto alla chiesa precedente. Questo edificio nella sua facies settecentesca, con una facciata barocca del XVII secolo, si è conservato fino ai giorni nostri.

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